Natural habitat di Indonesia merujuk pada lingkungan alami tempat tinggal berbagai jenis flora dan fauna yang terdapat di wilayah Indonesia.
Keanekaragaman hayati yang tinggi di Indonesia membuat berbagai ekosistem seperti hutan hujan tropis, savana, kolektorindo.my.id dan terumbu karang menjadi habitat alami yang penting bagi keberlangsungan tanaman dan hewan endemik di Indonesia. Perlindungan natural habitat di Indonesia sangat penting untuk mempertahankan keanekaragaman hayati yang khas dan mendukung ekosistem yang sehat.